2006年，在中国第四届环境考古学大会暨上山遗址学术研讨会上，以上山遗址为代表的长江下游地区最早的新石器时代遗址文化，被命名为“上山文化”。同年11月，时任浙江省委书记的习近平同志作出重要批示：“要加强对‘上山文化’的研究和宣传。”

随后，省有关部门迅速召开相关会议并展开调研，强调要保护利用好上山文化这张“金名片”。上山文化的保护、研究、发掘由此进入了快车道。此后短短几个月，建筑面积达500余平方米的上山文化陈列馆就迅速建成、开馆。上山遗址出土的陶器等文物，则历时3年被系统整理完成。

“上山文化见证了国家对传承发展中华文明的高度重视。”时任浦江博物馆馆长盛丹平记得，2007年2月16日，赶在农历新年之前，他们启动《上山遗址保护总体规划》编制工作，并邀请国内首屈一指的中国建筑设计研究院建筑历史研究所来做规划。最终，在各级党委政府及相关专家的不懈努力下，2016年，上山遗址保护和利用工程（一期）建成并向公众免费开放。

蒋乐平表示，也是在2007年，省文物考古研究所启动实施了“浙中地区早期新石器时代遗址专题调查”。随后几年，义乌桥头遗址等上山文化遗址陆续被发现。截至目前，在全省4市12县（市、区），已发现上山文化遗址24处。